1、在罗马时代，人们就已经发现了细菌可以提高土壤中的营养成分，这是有机肥形成的最原始状态。

2、19世纪美国和德国种植者发现在种过苜蓿和大豆的土壤中在种其他作物，产量明显得到提高。
3、1838年在法国，布森高建立了世界上第一个豆科植物能固定氮的农业试验站。
4、从1886年到1888年历经了两年之久，德国科学家通过实验证明了大气中的氮只有在豆科植物形成根瘤菌时才能被固定住。
5、同时在1888年对于根瘤菌的作用有了明确答案，叶林克一个荷兰学者通过分离根瘤菌得以证明。
6、1898年美国一家公司首次生产出了土壤细菌接种剂。至此有机肥的雏形出现。
7、20世纪大批的有机肥用于作物。
8、1937年开启了细菌肥料的先河，但后期却停止了使用。
9、直到1940年蓝细菌的成功研制，才使得真正意义上的有机肥出现。

     中国有史料考证大约5000年前自中国土地上就有农耕，并掌握了农业生产的基本规律。在5000年以来的农耕中，有机肥的一直沿用至今，可以说是人类使用历史最悠久的肥料。新中国成立后化肥开始普及，特别是80年代以后化肥用量持续增加。土壤板结严重，由于养殖行业的逐步集中农家肥分布不均匀，商品有机肥行业就迎来了发展。90年代已经发现了有机物质是土壤别不可少的肥料之一，市场立即出现了很多种类繁多的有机肥，为此国家于2002年国家正式出台了有机肥行业标准NY525-2002，后于2012年修订、2021年再次修订也就是目前执行的有机肥行业标准NY525-2021。

    2004年国家农业部在有机肥基础上制定了《生物有机肥》的标准NY884-2004，从此生物肥料作为有机肥肥料的一种正式成为了一类商品。2012年国家再次修订生物有机肥标准发布了新标准NY884-2012沿用至今。生物有机肥的最大特点：1、不含氮磷钾，2、含功能型微生物菌。

    时至今日有机肥、生物有机肥有机成为农业生产不可缺少的一部分农资产品。